JR鹿児島本線の門司港駅が開業したのは1891年（明治24年）のこと。当時の駅名は門司で、現在の鹿児島本線の建設を手がけた明治の私鉄、九州鉄道が、本州との連絡にも便利な関門海峡に面した場所にターミナル駅を設けたのがその始まりです。
駅は1914年（大正3年）に200メートルほど移転し、ネオルネサンス様式と呼ばれる、重厚なデザインの駅舎の使用が開始されます。
1942年（昭和17年）には関門トンネルが開通し、新しい門司駅が作られたことから当駅は駅名を門司港駅に改めますが、鹿児島本線のターミナルという位置づけは変わることがなく、駅舎は1988年（昭和63年）に鉄道の駅で初めて、国の重要文化財に指定されています。
そんな門司港駅舎も近年は老朽化が目立ち始めたことから、2012年に保存修理工事を開始。工事に際しては駅が開業した時の姿が復原されるよう留意され、1階に設けられた待合室や、2階に設けられた食堂も大正時代の姿を再現。新しい駅舎は2019年3月10日にグランドオープンを迎えました。