阿弥陀寺（あみだじ）は、会津のメインストリート、七日町（なぬかまち）通りの一角にある、浄土宗（じょうどしゅう）の寺院です。
1603年、時の領主、蒲生秀行（がもう・ひでゆき）より土地をもらい受けた僧侶、良然上人（りょうねん）によって開山（かいざん）されました。
1868年から1869年に起きた戊辰戦争（ぼしんせんそう）では寺の建物が焼け落ちる被害を受け、1870年に会津藩の拠点、鶴ヶ城（つるがじょう）の天守閣にあたる「御三階（おさんがい）」と呼ばれる建物を移築。仮の本堂としました。
この御三階、外からは3階建てに見えますが、中にはいると4階建てという特殊な構造をしており、鶴ヶ城にあった際は秘密会議の場所としても使用されていたのではないか、と考えられています。
境内には、幕末に会津の地で繰り広げられた、会津藩と新政府軍との戦い、「戊辰戦争（ぼしんせんそう）」によって命を落とした、およそ1300名にのぼる会津藩士たちの亡骸（なきがら）が埋葬されており、いまでも春と秋の彼岸には供養会が行われています。
元新選組（しんせんぐみ）三番隊組長、斎藤一（さいとう・はじめ）の墓も、この阿弥陀寺にあります。
斎藤は戊辰戦争（ぼしんせんそう）の際、「会津を見捨てることはできない」と、同行の土方歳三（ひじかた・としぞう）に告げ、会津に留まったといわれています。江戸時代から明治、大正時代と動乱の歴史を生きた彼の墓前には、いまも多くの参拝者が訪れます。