函馆主复活东正教会的起源可追溯至1860年，当时作为俄罗斯领事馆的附属礼拜堂而建。1861年赴任的圣尼古拉以此为起点展开传教活动，并将东正教传播至日本各地。
初代教堂于1907年的一场大火中被焚毁。现存建筑建于1916年，为第二代教堂，正式名称为“主复活教堂”。
该教堂采用俄罗斯拜占庭式建筑风格，拥有洋葱状穹顶和八角形钟楼。1983年被指定为日本国家重要文化财产。
钟楼的钟声会在周末祈祷时，以及平日礼拜开始与结束时敲响。清澈悠扬的钟声回荡在函馆山麓一带，被评选为“日本百大声音景观”之一。
这座教堂在当地被亲切地称为“嘎嘎寺”。当六口大小不一的钟通过绳索拉动、齐声鸣响时，其清脆而富有节奏的声响，早已深深融入市民的日常生活之中。